Την πρώτη χρονιά του διορισμού του ο Νίτσε ως τακτικός καθηγητής στο Πανεπιστήμιο της Βασιλείας, ξεκίνησε μια σειρά μαθημάτων για τους Προπλατωνικούς φιλοσόφους και για τον Πλάτωνα, δείχνοντας με αυτόν τον τρόπο ότι όπως η φιλοσοφία ξεκίνησε από την Ελλάδα, έτσι και η ακαδημαϊκή του πορεία θα είχε αφετηρία την βαθιά μελέτη της Ελληνικής διανόησης.
Σε επιστολές του και σε κείμενα πανεπιστημιακών μαθημάτων εκείνης της περιόδου, διατρανώνει την ανάγκη πρώτιστης εντρύφησης στην μελέτη της Προπλατωνικής φιλοσοφίας, ακολουθούμενη από την Σωκρατική διδασκαλία. Την περίοδο εκείνη και πριν ακόμη αναγορευτεί τακτικός καθηγητής, η έρευνά του εισβάλει επιθετικά στην «Ιστορία του Υλισμού» του F. A. Lange και η γνώση που αποκομίζει του αφυπνίζει το ενδιαφέρον για τις φυσικές επιστήμες και τον βοηθάει να ξεπεράσει την έως τότε αγκίστρωση στον Σοπενχάουερ, οδηγώντας τον ευθέως στον Δημόκριτο και στο περιστύλιο των άλλων Προσωκρατικών. Με την γόνιμη προσθήκη γνώσεων από τον Καντ και εμπνεύσεων από τον Lange, οδηγείται στην πρωτοφανή σπουδή των Προπλατωνικών φιλοσόφων, προσφέροντας στην φιλοσοφία, στην ιστορία της ανθρωπότητας και στον σύγχρονο πολιτισμό, ότι πιο βαθύ και ότι πιο πλήρες για την αναγνώριση της πηγαίας αξίας του Ελληνικού πολιτισμού.
Αρχίζει να γράφει και να αναλύει και να ερμηνεύει τα κείμενα και τις διδαχές των προσωκρατικών και αρχίζει να διερωτάται με βασανιστικό τρόπο για το τι κρύβει αυτή η φιλοσοφία ως έκφανση πολιτισμού. Επαναδιατυπώνει με την δική του σμίλη τα ερωτήματα όπως ποια η αναγκαιότητα του φιλοσόφου σε μια ανθρώπινη κοινωνία, ποια η σχέση τέχνης και επιστήμης, ποιος ο ρόλος της γλώσσας, ποια η σημασία των αισθήσεων και πως επιτυγχάνεται η εσωτερική οργάνωση του ανθρώπου. Η μανία της γνώσης τον οδήγησε στην μελέτη των μαθηματικών και σε μαθήματα χημείας.
Παράλληλα μελέτησε το έργο του γλωσσολόγου G. Gerber με τίτλο «Die Sprache alts Kunst» (Βερολίνο 1871), εμβαθύνοντας στην γνωσιολογική διάσταση της γλώσσας. Αποτέλεσμα αυτής της εμβάθυνσης ήταν η συγγραφή του δοκιμίου του «Περί αλήθειας και ψεύδους υπό εξωηθική έννοια» (1872-3), όπου τεκμηριώνει την φιλοσοφική συνάρτηση της «Γέννησης της Τραγωδίας» με την μελέτη του για τους Προσωκρατικούς. Οι σχολιαστές των κειμένων του εκείνη την περίοδο των πανεπιστημιακών μαθημάτων του Νίτσε, όπως και πολλοί φοιτητές του, αναφέρουν τους Προσωκρατικούς Αναξίμανδρο, Ηράκλειτο και Παρμενίδη, ως «τα τέκνα του Θαλή».
Ξαναδιαβάζει από μηδενική βάση τα περί ηθικής και καταλήγει σε εξωηθική προσέγγιση και επιχειρεί επιτυχή επανασύσταση των φιλοσοφικών προσεγγίσεων των Προπλατωνικών. Καταλήγει στο συμπέρασμα ότι ούτε η ηθική ούτε η χριστιανική θρησκεία έχουν το παραμικρό σημείο επαφής με την πραγματικότητα. Συμπεράσματα που ξεκάθαρα αργότερα θα τα διατυπώσει στον «Αντίχριστο», όπου βλέπει την γενικευμένη εβραιοχριστιανική ηθική ως τυραννία εναντίον της φύσης (Πέραν του καλού και του κακού, 188).
Αποστασιοποιημένος από την ηθική, την χαρακτηρίζει moral ή καντιανή και την θεωρεί αντί-φύση (κεφ. 11, «νόμος κατά του χριστιανισμού») όπως και «το απρόσωπο καθήκον υψωμένο ως υπέρτατος νόμος της ανθρώπινης δράσης» (κεφ. 11) ή «Κίρκη της ανθρωπότητας» (Ecce Homo, 5). Σε άλλες θέσεις θα δούμε να αναφέρει την ηθική ως «απώλεια της φυσικής ισορροπίας» και «παρακμή των ενστίκτων» (Αυγές 2 και 7, «γιατί είμαι ένα πεπρωμένο»)
Ο Νίτσε προχωράει πέρα από τα ως τότε γνωστά για τους Προπλατωνικούς, στις πανεπιστημιακές σημειώσεις του. Δεν αρκείται να κάνει ότι έπρατταν ως τότε οι καθηγητές, πραγματευόμενοι την ιστορία και τις διδαχές των πρώτων Ελλήνων φιλοσόφων. Μέσα στις σημειώσεις του μελετά το πως αντιδρά ο ανθρώπινος νους μετά από την διέγερση της περιέργειάς του, πως διενεργείται η αυτοπαρατηρησία, πως μπορεί το καθημερινό να μεταμορφωθεί σε κάτι αξιοπρόσεκτο, πως προκαλείται ο θαυμασμός για κάποιο αντικείμενο του περιβάλλοντός μας.
Επίσης για πρώτη φορά προσπάθησε να αντλήσει από τους Προπλατωνικούς απαντήσεις για το πως μπορεί ο άνθρωπος να σταθεί κριτικά και ερευνητικά έξω από τον ίδιο του τον εαυτό ώστε να αποκτήσει την εποπτεία του όλου, πως μπορεί με αξιώσεις που προβάλλει να διατηρήσει ζωντανό ένα όραμα και από που αντλεί την σιγουριά, όταν συμπεραίνει ότι όντος έτσι έχουν τα πράγματα, ή ότι σίγουρα αυτός είναι ο περιβάλλον μας χώρος.
Για πρώτη φορά στην ιστορία της φιλοσοφίας και στην φιλοσοφία της ιστορίας, ως συνδυασμένες επιστήμες, συμπεραίνεται η διαπολιτισμική και πολυπολιτισμική σύνθεση ως συνισταμένη ζωοποιός δύναμη του πανανθρώπινου πολιτισμού που υλοποιήθηκε άπαξ ιστορικά στην κοιτίδα του, την Ελλάδα από τον 8ο ως τον 5ο π.Χ. αιώνα. Αυτά που ξέρουμε σήμερα με επιστημονική σιγουριά για την μη ηθικής βάσεως σχέση πολιτισμού και Ελλήνων, τα δίδαξε και τα τεκμηρίωσε ο Νίτσε.